幽门螺旋杆菌是引起 慢性胃炎 和 消化性溃疡 （包括胃和十二指肠溃疡）的主要原因，其在胃中定植是公认的、引起 胃癌 以及 胃粘膜相关组织（MALT）淋巴瘤 （ MALT淋巴瘤 ）的主要机制。 出于它在胃壁中定植的需要，幽门螺旋杆菌会局部分泌毒素，对胃粘膜细胞产生伤害。 这样的伤害一方面因免疫细胞的无法到达而造成慢性炎症，成为一个无法修复的伤口而导致组织溃疡；另一方面由于持续的细胞损伤导致细胞更新频率增高，从而增加细胞发生有害突变的可能（即癌变）。 胃粘膜相关组织淋巴瘤的特征是B淋巴细胞（一种免疫细胞）在胃壁中缓慢繁殖。 正常情况下，B淋巴细胞（免疫系统）不在胃壁中分化繁殖，然而由幽门螺杆菌在胃壁的定殖而引起的的免疫反应则会促进其发育。

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