请教最后这个问题怎么解决的

如果你的参考文献格式正确那么系统会自动识别并且剔除不参与正文查重。参考文献标红就说明你的格式有误。系统把你的参考文献当正文来对比查重了。希望可以帮到你，有问题随时追问我吧。↓

你是不是将参考文献插的尾注？

知网报告上面应该有相似来源及对照报告的。有理有据的，不会无故标红的。