参考文献应该不算，因为提供的参考文献主要用于确定正文中重复的地方是否属于引用。

首先可以明确清楚的是，硕士论文的正文是必查部分，除此之外，硕士论文内容的查重范围还包括有论文封面、声明、摘要、致谢、参考文献和论文附录等，如果将论文的开题报告也上传了的话，也是会进行重复率检测的。

对于硕士论文来说，检测硕士论文重复率最准确的论文查重系统是知网VIP论文查重系统，知网的数据库比对查重范围由以下数据库构成：中国学术期刊网络出版总库、中国博士学位论文全文数据库/中国优秀硕士学位论文全文数据库、中国重要会议论文全文数据库、中国重要报纸全文数据库、中国专利全文数据库、学术论文联合比对库、互联网资源、英文数据库、港澳台学术文献库、优先出版文献库、图书资源、个人比对库和学术论文联合比对库等。

查重的话，是包括全文的，当然摘要也在范围之内。所以，才会出现报道说一些大学的硕士论文相似度很高，连摘要几乎都一样